La 3’ UTR del RNA genómico del virus del Nilo Occidental codifica información clave para la regulación de la traducción
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Universidad de Granada
Departamento
Universidad de Granada. Programa de Doctorado en Bioquímica y Biología MolecularFecha
2024Fecha lectura
2024-07-05Referencia bibliográfica
Sara Esther Ramos Lorente. La 3’ UTR del RNA genómico del virus del Nilo Occidental codifica información clave para la regulación de la traducción. Granada: Universidad de Granada, 2024. [https://hdl.handle.net/10481/94840]
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Tesis Univ. Granada.Resumen
La traducción de los genomas de RNA virales depende de la maquinaria celular del
hospedador, por lo que los virus emplean mecanismos que les permiten competir
por ella con los mRNAs celulares. Como otros virus RNA, los flavivirus codifican
parte de su información genética en elementos estructurales conservados. Estos
elementos se agrupan en dominios que regulan funciones virales esenciales, como
la replicación y la traducción, mediante el ajuste de la estructura global del genoma
viral a través del establecimiento de interacciones inter- e intramoleculares. En
flavivirus, el inicio de traducción se produce principalmente por un mecanismo
dependiente de cap, aunque en varios miembros del género se ha descrito un
mecanismo alternativo independiente de cap. La 3’ UTR genómica interviene en la
regulación de ambos procesos, pero se desconocen los mecanismos moleculares
subyacentes. En la presente Memoria de Tesis Doctoral se proporciona evidencia
de que, como en otros flavivirus, la 3’ UTR del virus del Nilo Occidental (WNV)
potencia la traducción viral dependiente e independiente de cap. Los resultados
obtenidos apoyan que este efecto podría estar mediado por el reclutamiento
específico de la subunidad ribosómica 40S a través de la 3’ UTR. Se han identificado
dos sitios de reclutamiento de 40S por la 3’ UTR, en el elemento SL-III y en el
dominio II, que podrían tener implicaciones funcionales diferentes. La combinación
de técnicas de análisis estructural ha revelado requisitos conformacionales
específicos en la 3’ UTR para que se produzca la unión de 40S, los cuales implican
a los elementos conservados SL-III, 5’DB, 3’DB y 3’SL, involucrados en la regulación
de la traducción viral. También se aportan evidencias de que la formación del doble
pseudoknot PK3-PK4, en el que están implicados los elementos 5’ y 3’DB, es
esencial para que se produzca el reclutamiento de 40S a través de cualquiera de
los dos sitios identificados. Nuestro estudio, además, apunta a que el
establecimiento de interacciones directas RNA–RNA a larga distancia entre los
extremos del genoma viral tiene un efecto modulador de la estructura de la 3’ UTR
de WNV que permite la liberación de la subunidad 40S desde la 3’ UTR al extremo
5’ del RNA viral, facilitando su posicionamiento en las proximidades del codón de
inicio de la traducción. En base a estos resultados, se propone que la interacción
entre los extremos 5’ y 3’ podría actuar como regulador del reclutamiento de 40S y, en último término, como regulador de la traducción en WNV. Finalmente, se aportan
evidencias que sugieren que el reclutamiento de la subunidad 40S a través de la 3’
UTR es un mecanismo conservado en otros miembros del género Flavivirus.