Resistencia a Antimicrobianos de Acinetobacter Baumannii y Klebsiella Pneumoniae: Incidencia, Gasto Sanitario, Muertes o Problemas Derivados en Ecuador

Abstract

Objetivo: Desarrollar un protocolo para la detección precoz y caracterización de cepas bacterianas causantes de infecciones adquiridas por hospitalización en centros hospitalarios de Centroamérica, con el fin de mejorar el tratamiento de pacientes sometidos a intervención en la UCI. Metodología: Se realizó un estudio observacional prospectivo con pacientes diagnosticados con infecciones adquiridas en el hospital (IAAS). Se llevaron a cabo pruebas de susceptibilidad a antimicrobianos y análisis moleculares de genes de carbapenemasa en aislados de Acinetobacter baumannii en un primer período de enero de 2017 a diciembre de 2018. De enero a diciembre de 2021, se recolectaron aislados clínicos de Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex y Klebsiella pneumoniae de muestras de esputo, aspirados traqueales, heridas, sangre, catéteres y orina de pacientes diagnosticados con IAAS. El perfil de susceptibilidad se determinó utilizando el sistema automatizado Vitek 2 Compact (BIOUMERIEUX), empleando los puntos de corte establecidos por el Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio (CLSI). Se realizaron secuencias de cebadores para detectar genes de oxacilinasa mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR), identificando la presencia del gen blaoxa72 y diferenciándolo del gen blaoxa24 mediante la secuenciación de un fragmento de ADN de 246 pb. Para K. pneumoniae, las pruebas moleculares determinaron la presencia de los genes blaKPC, diferenciando entre blaKPC-1, blaKPC-2 y blaKPC-3. Resultados: Se incluyeron 180 pacientes con edades entre 16 y 93 años en un estudio realizado de enero de 2017 a diciembre de 2018. La tasa de mortalidad hospitalaria fue del 35% (63/180). La ventilación mecánica invasiva (VMI) fue indicada en el 50,4% de los pacientes (91/180). La tasa de supervivencia general (SG) en pacientes tratados con VMI fue del 49,5% (45/91), con una mediana de supervivencia de 65 días. La tasa de SG en pacientes que no recibieron VMI fue del 80,9% (72/89), con una mediana de supervivencia de 106 días (HR 2,094; IC 95% 1,174-3,737; p = 0,012). El análisis multivariado concluyó que la neumonía asociada al ventilador es el factor más relacionado con la supervivencia general. En un subsecuente estudio realizado de enero a diciembre de 2021 se obtuvieron 401 aislados de A. baumannii y K. pneumoniae de 223 y 120 pacientes, respectivamente. La mediana de edad fue de 65 años. El 40,2% de los pacientes fueron admitidos por neumonía bacteriana y el 35,9% por neumonía relacionada con COVID-19. El 73,2% de los pacientes permaneció en UCI, y el 79,1% requirió VMI. Después de una estancia media de 26 días (RIC 16 a 40), fallecieron 192 pacientes. El análisis multivariado reveló que para A. baumannii, los factores independientes de letalidad fueron COVID-19 (HR 2.260; IC 95% 1.562 - 3.269; p<.001), APACHE II (HR 1.059; IC 95% 1.022 - 1.098; p=.002), ITU (HR 1,813; IC 95% 1,077 - 3,051; p=0,025), VMI (HR 2,907; IC 95% 1,139 - 7,412; p=0,025) y resistencia a tigeciclina (HR 2,117; IC 95%). Para K. pneumoniae, la COVID-19 fue el único factor independiente de letalidad (HR 2,439; IC 95% 1,458 - 4,082; p=.001). Se encontró que el gen blaoxa72 estaba presente en 65 aislados de A. baumannii, mientras que en K. pneumoniae se hallaron genes blaKPC, con 18 aislados de blaKPC-2 y 10 de blaKPC-3. Conclusiones: Los resultados demostraron que el gen blaoxa72 es el principal mecanismo de resistencia a los carbapenémicos en A. baumannii. Por otro lado, los genes blaKPC-2 y blaKPC-3 están presentes en K. pneumoniae y son el principal mecanismo de resistencia a los carbapenémicos en Ecuador.

Objective: To develop a protocol for early detection and characterization of bacterial strains causing hospital-acquired infections in Central American hospitals, to improve the treatment of patients undergoing ICU intervention. Methodology: This prospective observational study included patients diagnosed with hospital-acquired infections (HAIs). Antimicrobial susceptibility tests were performed, followed by molecular analysis of carbapenemase genes in A. baumannii isolates. The study was conducted in two phases: from January 2017 to December 2018 and from January to December 2021. Clinical isolates of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex and K. pneumoniae were collected from sputum samples, tracheal aspirates, wounds, blood, catheters, and urine of patients with HAIs. Susceptibility profiles were determined using the Vitek 2 compact automated system (BioMérieux), with cut-off points established by the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Polymerase chain reaction (PCR) was used to detect oxacillinase genes, differentiating between the blaOXA-72 and blaOXA-24 genes by sequencing a 246 bp DNA fragment. For K. pneumoniae, molecular tests identified the presence of the blaKPC gene, including blaKPC-1, blaKPC-2, and blaKPC-3. Results: A total of 180 patients (ages 16 to 93 years) were included in a study conducted from January 2017 to December 2018. The in-hospital mortality rate was 35% (63/180). Invasive mechanical ventilation (IMV) was used in 50.4% of patients (91/180), with an overall survival rate of 49.5% (45/91) and a median survival of 65 days. Patients not receiving IMV had an overall survival rate of 80.9% (72/89) and a median survival of 106 days (HR 2.094; 95% CI 1.174-3.737; p = 0.012). Multivariate analysis indicated that ventilator-associated pneumonia was most significantly related to overall survival. A total of 401 isolates were analyzed, from 223 patients with A. baumannii and 120 with K. pneumoniae included in a study conducted from January to December 2021. The median age was 65 years. Of these patients, 40.2% were admitted for bacterial pneumonia and 35.9% for COVID-19-related pneumonia. The majority (73.2%) were in the ICU, and 79.1% required IMV. After a mean ICU stay of 26 days (IQR 16 to 40), 192 patients died. Multivariate analysis confirmed that COVID-19 (HR 2.260; 95% CI 1.562-3.269; p < 0.001), APACHE II score (HR 1.059; 95% CI 1.022-1.098; p = 0.002), urinary tract infection (UTI) (HR 1.813; 95% CI 1.077-3.051; p = 0.025), IMV (HR 2.907; 95% CI 1.139-7.412; p = 0.025), and resistance to tigecycline (HR 2.117; 95% CI 1.138-3.922; p = 0.016) were associated with mortality. In K. pneumoniae, COVID- 19 was the only independent factor significantly associated with lethality (HR 2.439; 95% CI 1.458-4.082; p = 0.001). The blaOXA-72 gene was detected in 65 A. baumannii isolates, while blaKPC was found in K. pneumoniae, with 18 isolates containing blaKPC-2 and 10 containing blaKPC-3. Conclusions: The study found that blaOXA-72 is the primary mechanism of carbapenem resistance in A. baumannii, whereas blaKPC-2 and blaKPC-3 are the main mechanisms of carbapenem resistance in K. pneumoniae in Ecuador.