Nuevos aspectos estructurales y funcionales de los dominios I al VI de la región 5' del RNA del virus de la hepatitis C

Abstract

El virus de la hepatitis C (HCV) es un virus hepatotrópico, perteneciente al género Hepacivirus dentro de la familia Flaviviridae. Infecta a más de 185 millones de personas en el mundo y ha sido reconocido como la principal causa de infección hepática crónica en humanos. HCV es un virus envuelto, que contiene un genoma de RNA de cadena sencilla y polaridad positiva, que presenta un único marco de lectura abierto de 9.6 Kb flanqueado por dos regiones no traducible (UTR) en sus extremos 5' y 3'. En la región 5' UTR se encuentra un elemento para la entrada interna del ribosoma (IRES), constituido por varios dominios estructurales muy conservados, esenciales para el reclutamiento interno del ribosoma en la traducción independiente de 5'-cap. Mediante ensayos de corte con la RNasa P se determinó que el dominio IV del IRES incluye un motivo estructural tipo-tRNA, en torno al codón de inicio de la traducción AUG. En el dominio II del IRES se encuentran dos bucles-E, altamente sensibles a la radiación UV y uno de ellos es responsable del doblamiento del dominio hacía el dominio IV, favoreciendo el posicionamiento del codón AUG en el surco de descodificación en la subunidad ribosomal 40S en el inicio de traducción. En el desarrollo de esta Tesis, se ha trabajado con el fragmento 1-570 del RNA de HCV, que incluye toda la región 5’UTR y el primer tercio de la secuencia que codifica para la proteína core. En trabajos previos de este laboratorio se determinó, mediante ensayos de corte de la RNasa III, que la secuencia comprendida entre los dominios I y II del 5’UTR, interacciona con la secuencia basal del dominio VI (428-442) formando un anillamiento a larga distancia que deja al IRES en una forma cerrada. En este trabajo se ha estudiado los efectos del magnesio en los cambios conformacionales que experimenta este fragmento del RNA de HCV. Se demostró mediante ensayos de corte con la RNasa T1 en condiciones nativas y mediante ensayos de movilidad electroforética en geles nativos, que el magnesio es esencial en la formación de estructuras terciarias en el IRES, como la formación del pseudonudo ya descrito con anterioridad, y en la formación y estabilidad de la forma cerrada que experimenta el IRES en presencia de sus secuencias flanqueantes (dominios I y V-VI), a una concentración final de magnesio entre 0-2 mM.