Analysis of the pangenome of pseudomonas putida

Abstract

Una especie bacteriana puede ser definida por el conjunto de todos los genes que conforman la especie o lo que es lo mismo, su pangenoma. El término pangenoma, fue utilizado por primera vez en el año 2005 por Medini. Los estudios pangenómicos surgen de la posibilidad de disponer de múltiples genomas pertenecientes a una misma especie y ofrecen una nueva aproximación a la definición de especie. El estudio del pangenoma permite determinar cuales son el conjunto de reacciones que confieren a un conjunto de microoganismos diferenciación con respecto a microrganismos de otra especie. Así mismo el pangenoma ayuda a identificar los procesos moleculares de adaptación a un nicho, que confieren las características particulares a cada cepa. Hoy en día el concepto de especie en microbiología es un concepto principalmente fenético, el cual concibe la especie como una unidad basada en el grado de semejanza entre los microrganismos que conforman dicha especie. Se tienen en cuenta tanto caracteres fenotípicos de los microorganismos, como la naturaleza del nicho ecológico y la secuencia del gen que codifica el RNA 16S. Sin embargo este concepto de especie es más real en microorganismos que tienen un nicho ecológico aislado, en el cual no prime el intercambio genético con otros microorganismos y con unas condiciones ambientales muy estables. Este no es el caso de la mayoría de los microorganismos que habitan la biosfera. La especie utilizada en el presente estudio es Pseudomonas putida, como especie modelo de microrganismo cosmopolita con cepas que habitan en distintos nichos edáficos y de agua dulce (suelo, rizosfera, lagunas, sedimentos). Esta especie está formada por bacilos Gram negativos, aerobios, móviles gracias a sus flagelos polares. Para deducir el pangenoma de esta especie se eligieron nueve cepas intentando abarcar diferentes nichos. Además también se tuvo en cuenta el grado de curación de las secuencias y el estado de su genoma en las bases de datos públicas (borrador o genoma cerrado) intentando contar con aquellas que tuviesen el grado de curación más alto.