Desarrollo de un mapa de ligamiento basado en microsatélites en el lenguado senegalés (Solea senegalensis Kaup, 1858) y estudios de sintenia

Abstract

El lenguado senegalés (Solea senegalensis, Kaup 1858) es una especie de pez plano de gran interés para la industria acuícola. En la actualidad, se cultiva a lo largo de las costas del sur de España y Portugal y su producción aumenta todos los años considerablemente. Hasta ahora, las investigaciones en el cultivo del lenguado se han centrado en áreas como la alimentación y la patología. Sin embargo, se dispone de muy pocos datos genéticos y falta información en aspectos de gran interés como son la estructura y la diversidad genética de las poblaciones, tanto cultivadas como naturales. Estos estudios genéticos permitirían la aplicación de programas de selección con los que se optimizarían los recursos acuícolas y se podría mejorar y aumentar su producción. Con este trabajo se pretende avanzar en estos aspectos mediante el desarrollo del primer mapa de ligamiento de lenguado que, entre otras cosas, es el primer paso hacia la localización de genes relacionados con caracteres cuantitativos (QTLs) de interés económico y la selección asistida por marcadores (MAS). Para ello, se requiere de un número alto de marcadores que abarquen la mayor parte del genoma y de familias adecuadas que permitan el seguimiento de la segregación alélica. Los marcadores empleados en este trabajo han sido los microsatélites, que han demostrado ser muy útiles para la construcción de estos mapas. Los microsatélites se han caracterizado a partir de tres fuentes: (1) librerías genómicas de ADN de S. senegalensis, (2) base de datos de secuencias ESTs de esta especie, previamente desarrollada por otros autores y, por último (3) microsatélites caracterizados en otras especies de peces planos. Esto nos ha permitido disponer de un total de144 microsatélites para el análisis de ligamiento. Las familias de referencia se han obtenido mediante técnicas de manipulación cromosómica para la inducción de ginogénesis en el Centro de IFAPA Agua del Pino (Huelva). De esta forma, se consiguieron dos familias ginogenéticas haploides usadas para el análisis de la distribución de microsatélites en los grupos de ligamiento, y una ginogenética diploide usada para su localización con respecto al centrómero. El mapa consenso resultante está representado por 27 grupos de ligamiento en los que se distribuyen 129 marcadores microsatélites, con densidad media de 4.7 por grupo de ligamiento y abarcando un tamaño aproximado de 1004cM. Adicionalmente, existen 15 marcadores que no han podido se agrupados (no ligados). Las secuencias de los marcadores (regiones flanqueantes y motivos repetidos) se han utilizado en estudios evolutivos. Por un lado, se han comparado con secuencias de bases de datos de ESTs de otros peces planos como rodaballo, platija y halibut. Esto nos ha permitido analizar su grado de conservación entre especies y poder hacer, de este modo, inferencias filogenéticas dentro de este grupo. Por otro lado, se han localizado en los genomas de especies modelo de peces como espinoso, tetraodon, medaka, fugu y danio. Estos estudios han permitido localizar cuatro grandes bloques sinténicos compartidos por todas las especies modelo y han servido para hacer estudios de sintenia entre cromosomas de especies modelo y grupos de ligamiento de peces planos. Todo ello demuestra la utilidad de los marcadores microsatélites caracterizados como herramienta para estudios de genómica comparada y de evolución.