@misc{10481/82025,
year = {2023},
url = {https://hdl.handle.net/10481/82025},
abstract = {Durante la última década, gracias a los avances en las tecnologías
de secuenciación masiva que han permitido un análisis más profundo de
los transcriptomas de varios organismos modelo, se ha determinado que
los genomas se transcriben de manera generalizada. Este fenómeno da
lugar a una gran cantidad de transcritos de RNA no canónicos y en su
mayoría antisentido que se producen por la RNA polimerasa II a partir de
casi cualquier contexto genómico. Estas especies de RNA son degradadas
por mecanismos de vigilancia que actúan principalmente a nivel nuclear.
Sin embargo, la información acerca de las proteínas que controlan el
destino de estos transcritos no productivos es muy escasa.
Trypanosoma brucei es un parásito extracelular que pertenece a la
clase Kinetoplastea y es el agente causante de la tripanosomiasis humana
africana (HAT), también conocida como la enfermedad del sueño. Los
tripanosomas son eucariotas unicelulares cuya transcripción por parte de
la RNA polimerasa II es constitutiva y tanto el inicio como la terminación de
la transcripción ocurren en un número limitado de sitios por cromosoma.
En la actualidad se desconoce si existe una transcripción generalizada
en organismos donde la regulación transcripcional está prácticamente
ausente o qué factores podrían estar implicados en este proceso.
Trabajos publicados previamente por nuestro grupo indican que
la proteína de unión a RNA RBP33 se une a transcritos procedentes de
zonas que normalmente se encuentran silenciadas, lo que sugiere que
existe un vínculo entre RBP33 y la terminación de la transcripción en
T. brucei. Por este motivo, durante esta tesis doctoral se han estudiado
distintos aspectos de la regulación de la expresión génica para determinar
el papel que la proteína de unión a RNA RBP33 tiene en la regulación de
la abundancia de estos RNAs no canónicos en T. brucei.
El análisis detallado del transcriptoma de los tripanosomas
muestra que el silenciamiento de RBP33 por ribointerferencia provoca una
sobreexpresión de aproximadamente el 40% de todos los genes anotados Durante la última década, gracias a los avances en las tecnologías
de secuenciación masiva que han permitido un análisis más profundo de
los transcriptomas de varios organismos modelo, se ha determinado que
los genomas se transcriben de manera generalizada. Este fenómeno da
lugar a una gran cantidad de transcritos de RNA no canónicos y en su
mayoría antisentido que se producen por la RNA polimerasa II a partir de
casi cualquier contexto genómico. Estas especies de RNA son degradadas
por mecanismos de vigilancia que actúan principalmente a nivel nuclear.
Sin embargo, la información acerca de las proteínas que controlan el
destino de estos transcritos no productivos es muy escasa.
Trypanosoma brucei es un parásito extracelular que pertenece a la
clase Kinetoplastea y es el agente causante de la tripanosomiasis humana
africana (HAT), también conocida como la enfermedad del sueño. Los
tripanosomas son eucariotas unicelulares cuya transcripción por parte de
la RNA polimerasa II es constitutiva y tanto el inicio como la terminación de
la transcripción ocurren en un número limitado de sitios por cromosoma.
En la actualidad se desconoce si existe una transcripción generalizada
en organismos donde la regulación transcripcional está prácticamente
ausente o qué factores podrían estar implicados en este proceso.
Trabajos publicados previamente por nuestro grupo indican que
la proteína de unión a RNA RBP33 se une a transcritos procedentes de
zonas que normalmente se encuentran silenciadas, lo que sugiere que
existe un vínculo entre RBP33 y la terminación de la transcripción en
T. brucei. Por este motivo, durante esta tesis doctoral se han estudiado
distintos aspectos de la regulación de la expresión génica para determinar
el papel que la proteína de unión a RNA RBP33 tiene en la regulación de
la abundancia de estos RNAs no canónicos en T. brucei.
El análisis detallado del transcriptoma de los tripanosomas
muestra que el silenciamiento de RBP33 por ribointerferencia provoca una
sobreexpresión de aproximadamente el 40% de todos los genes anotados Durante la última década, gracias a los avances en las tecnologías
de secuenciación masiva que han permitido un análisis más profundo de
los transcriptomas de varios organismos modelo, se ha determinado que
los genomas se transcriben de manera generalizada. Este fenómeno da
lugar a una gran cantidad de transcritos de RNA no canónicos y en su
mayoría antisentido que se producen por la RNA polimerasa II a partir de
casi cualquier contexto genómico. Estas especies de RNA son degradadas
por mecanismos de vigilancia que actúan principalmente a nivel nuclear.
Sin embargo, la información acerca de las proteínas que controlan el
destino de estos transcritos no productivos es muy escasa.
Trypanosoma brucei es un parásito extracelular que pertenece a la
clase Kinetoplastea y es el agente causante de la tripanosomiasis humana
africana (HAT), también conocida como la enfermedad del sueño. Los
tripanosomas son eucariotas unicelulares cuya transcripción por parte de
la RNA polimerasa II es constitutiva y tanto el inicio como la terminación de
la transcripción ocurren en un número limitado de sitios por cromosoma.
En la actualidad se desconoce si existe una transcripción generalizada
en organismos donde la regulación transcripcional está prácticamente
ausente o qué factores podrían estar implicados en este proceso.
Trabajos publicados previamente por nuestro grupo indican que
la proteína de unión a RNA RBP33 se une a transcritos procedentes de
zonas que normalmente se encuentran silenciadas, lo que sugiere que
existe un vínculo entre RBP33 y la terminación de la transcripción en
T. brucei. Por este motivo, durante esta tesis doctoral se han estudiado
distintos aspectos de la regulación de la expresión génica para determinar
el papel que la proteína de unión a RNA RBP33 tiene en la regulación de
la abundancia de estos RNAs no canónicos en T. brucei.
El análisis detallado del transcriptoma de los tripanosomas
muestra que el silenciamiento de RBP33 por ribointerferencia provoca una
sobreexpresión de aproximadamente el 40% de todos los genes anotados en el genoma, con una marcada acumulación de transcritos sentido y
antisentido que proceden de regiones que no se expresan en condiciones
fisiológicas. Además, los resultados sugieren que los transcritos antisentido
son potencialmente traducibles, ya que la inserción de un transgén eYFP
en un locus que no se expresa en condiciones normales, proporciona
una señal de fluorescencia detectable en ausencia de RBP33. Por otro
lado, la pérdida de la proteína no produce un aumento apreciable en la
accesibilidad de la cromatina, por lo que RBP33 no parece actuar a este
nivel. Finalmente, los datos muestran que los transcritos regulados por
RBP33 son significativamente más estables en tripanosomas cuando se
silencia la expresión de RBP33 y que el complejo exosoma es responsable
de su degradación.
Estas observaciones nos permiten plantear un modelo donde
RBP33 actúa guiando a los transcritos aberrantes para su degradación vía
exosoma, amortiguando en consecuencia la transcripción no productiva en
los tripanosomas, aunque el mecanismo exacto queda aún por determinar},
organization = {Tesis Univ. Granada.},
organization = {The Spanish National Research Council (CSIC) [201920E114 to A.M.E.];},
organization = {The Spanish Ministry of Science and Innovation [PID2019-111109RB-I00 to E.G.D.]},
organization = {La Caixa Foundation-Health Research 2020 Call [HR20-00635 to E.G.D]},
organization = {Spanish Ministry of Science and Innovation},
publisher = {Universidad de Granada},
title = {Caracterización del papel de la proteína RBP33 en la regulación de la transcripción no productiva en Trypanosoma brucei},
author = {Gómez Liñan, Claudia},
}