@misc{10481/112735,
year = {2022},
month = {1},
url = {https://hdl.handle.net/10481/112735},
abstract = {Protein-coding genes in trypanosomes occur in polycistronic transcription units (PTUs). How RNA polymerase II (Pol II) initiates transcription of PTUs has not been resolved; the current model favors chromatin modifications inducing transcription rather than sequence-specific promoters. Here, we uncover core promoters by functional characterization of Pol II peaks identified by hromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq). Two distinct promoters are located between divergent PTUs, each driving unidirectional transcription. Detailed analysis identifies a 75-bp promoter that is necessary and sufficient to drive full reporter expression and contains functional motifs. Analysis of further promoters suggests transcription initiation is regulated and promoters are either focused or dispersed. In contrast to the previous model of unregulated and promoter-independent transcription initiation, we find that sequence-specific promoters determine the initiation of Pol II transcription of protein-coding genes PTUs. These findings in Trypanosoma brucei suggest that in addition of chromatin modifications, promoter motifs-based regulation of gene expression is deeply conserved among eukaryotes.},
abstract = {Los genes codificadores de proteínas en los tripanosomas se presentan en unidades de transcripción policistrónicas (PTU). Aún no se ha dilucidado cómo la ARN polimerasa II (Pol II) inicia la transcripción de las PTU; el modelo actual se inclina por las modificaciones de la cromatina que inducen la transcripción, en lugar de promotores específicos de secuencia. En este trabajo, identificamos promotores centrales mediante la caracterización funcional de los picos de Pol II detectados por secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq). Entre las PTU divergentes se localizan dos promotores distintos, cada uno de los cuales impulsa la transcripción unidireccional. Un análisis detallado identifica un promotor de 75 pb que es necesario y suficiente para impulsar la expresión completa del reportero y contiene motivos funcionales. El análisis de otros promotores sugiere que el inicio de la transcripción está regulado y que los promotores pueden estar concentrados o dispersos. En contraste con el modelo anterior de inicio de la transcripción no regulado e independiente del promotor, encontramos que los promotores específicos de secuencia determinan el inicio de la transcripción de la Pol II de los PTU de genes codificadores de proteínas. Estos hallazgos en Trypanosoma brucei sugieren que, además de las modificaciones de la cromatina, la regulación de la expresión génica basada en motivos promotores está profundamente conservada entre los eucariotas.},
organization = {Spanish Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (RTI2018-098834-B-I00)},
organization = {Subdirección General de Redes y Centros de Investigación Cooperativa (RD12/0018/0015, RD16/0027/0019, RD16/0027/0014)},
organization = {National Institutes of Health (R01AI114685)},
publisher = {Elsevier},
keywords = {Trypanosoma},
keywords = {Promoter},
keywords = {RNA-Polimerase II},
title = {Identification of sequence-specific promoters driving polycistronic transcription initiation by RNA polymerase II in trypanosomes},
doi = {10.1016/j.celrep.2021.110221},
author = {Cordón-Obras, Carlos and Gómez-Liñán, Claudia and Torres Rusillo, Sara and Vidal-Cobo, Isabel and López-Farfan, Diana and Barroso-Del Jesús, Alicia and Rojas-Barros, Domingo and Carrington, Mark and Navarro, Miguel},
}